refactor!: 完成 0.4.0 版本更新

完成 0.4.0 版本更新, 为了消除此前提交消息风格不一致与错误提交超大文件的问题, 维持代码统计数据的准确性和提交消息风格的一致性, 重新初始化仓库; 旧的提交历史在 HeurAMS-legacy 仓库(https://gitea.imwangzhiyu.xyz/ajax/HeurAMS-legacy)

BREAKING CHANGE: 已在描述注明

src/heurams/kernel/particles/loader.py

@@ -0,0 +1,71 @@
+from .nucleon import Nucleon
+from .electron import Electron
+import heurams.services.hasher as hasher
+import pathlib
+import toml
+import json
+from copy import deepcopy
+from heurams.services.logger import get_logger
+
+logger = get_logger(__name__)
+
+
+def load_nucleon(path: pathlib.Path, fmt="toml"):
+    logger.debug("load_nucleon: 加载文件 %s, 格式: %s", path, fmt)
+    with open(path, "r") as f:
+        dictdata = dict()
+        dictdata = toml.load(f)  # type: ignore
+        logger.debug("TOML 解析成功, keys: %s", list(dictdata.keys()))
+        lst = list()
+        nested_data = dict()
+        # 修正 toml 解析器的不管嵌套行为
+        for key, value in dictdata.items():
+            if "__metadata__" in key:  # 以免影响句号
+                if "." in key:
+                    parts = key.split(".")
+                    current = nested_data
+                    for part in parts[:-1]:
+                        if part not in current:
+                            current[part] = {}
+                        current = current[part]
+                    current[parts[-1]] = value
+                logger.debug("处理元数据键: %s", key)
+            else:
+                nested_data[key] = value
+        logger.debug("嵌套数据处理完成, keys: %s", list(nested_data.keys()))
+        # print(nested_data)
+        for item, attr in nested_data.items():
+            if item == "__metadata__":
+                continue
+            logger.debug("处理项目: %s", item)
+            lst.append(
+                (
+                    Nucleon(item, attr, deepcopy(nested_data["__metadata__"])),
+                    deepcopy(nested_data["__metadata__"]["orbital"]),
+                )
+            )
+        logger.debug("load_nucleon 完成, 加载了 %d 个 Nucleon 对象", len(lst))
+        return lst
+
+
+def load_electron(path: pathlib.Path, fmt="json") -> dict:
+    """从文件路径加载电子对象
+
+    Args:
+        path (pathlib.Path): 路径
+        fmt (str): 文件格式(可选, 默认 json)
+
+    Returns:
+        dict: 键名是电子对象名称, 值是电子对象
+    """
+    logger.debug("load_electron: 加载文件 %s, 格式: %s", path, fmt)
+    with open(path, "r") as f:
+        dictdata = dict()
+        dictdata = json.load(f)  # type: ignore
+        logger.debug("JSON 解析成功, keys: %s", list(dictdata.keys()))
+        dic = dict()
+        for item, attr in dictdata.items():
+            logger.debug("处理电子项目: %s", item)
+            dic[item] = Electron(item, attr)
+        logger.debug("load_electron 完成, 加载了 %d 个 Electron 对象", len(dic))
+        return dic